进阶教程

主要讲述如何用PyMOL 绘制精美图片的案例,以及制作动画。

Note

动画更加形象生动,做PPT的时候加入一些动画,更能引起听众的兴趣和注意力!

简单规则

对于缺少美感的人来说,如何绘制精美图片,有如下规则和方法: 1. 参考文献中图片,进行绘制 2. 文献中蛋白的颜色通常设置为灰白色。 3. 氢原子往往掩藏,尤其是非极性氢原子。

如何制作动画,有如下规则: 1. 平时注意积累动画库 2. 模仿别人制作的动画

安装ffmpeg方便直接导出mp4 和 gif 格式

安装方法一:

  1. step1 到 ffmpeg官网 下载ffmpeg,这里我以 windows为例
  2. step2 解压文件,将bin文件下的所有exe 程序拷贝的PATH路径下,或者将bin路径添加到PATH 环境变量中。
  3. step3 打开PyMOL,File->save move movie 选择ffmpeg 就可以保存动画。

安装方法2:

>>> conda install -c menpo ffmpeg

制作分子对接示例动画

  1. 准备材料(选定蛋白体系,配体)
  2. 分子对接,保留制作动画用的配体小分子构象
  3. 制作动画

3.1 导入蛋白,

3.2 通过命令导入小分子,并设置object的名字为lig

load conf1name.mol2, lig
load conf2name.mol2,lig
... ...

3.3 美化,调整角度,颜色,显示模式,动画速度等

3.4 mplay 播放动画

3.5 导出动画 ;

file->export movie as -> 选择ffmpeg/gif 保存动画为gif格式 或者 选择ffmpeg/mpeg4 保存动画为mp4 格式。

mp4格式的文件更小

这里我以蛋白 1ki2 为例制作动画,免费下载 素材

素材包含: 1. 蛋白构象;2. 小分子10个构象;3. mov.pml

打开pymol,执行如下命令,就可以创建动画了

load 1ki2_rec.pdb,rec
load ligconf01.mol2,lig
load ligconf02.mol2,lig
load ligconf03.mol2,lig
load ligconf04.mol2,lig
load ligconf05.mol2,lig
load ligconf06.mol2,lig
load ligconf07.mol2,lig
load ligconf08.mol2,lig
load ligconf09.mol2,lig
load ligconf10.mol2,lig
set movie_fps, 3
mplay

或者将上述命令写入到mov.pml 文件中,双击mov.pml 就可以。

我制作的动画如下

../_images/1ki2_dock.gif

蛋白的口袋

蛋白构象变化

构象搜索的动画

分子对接动画