高级教程

主要讲述PyMOL中常见的图形界面(鼠标)操作

PyMOL软件界面介绍

PyMOL 软件界面如下图所示,主要由2部分组成。第一部分是命令输入窗口和第二部分是显示窗口。 PyMOL2 和PyMOL1一个明显区别: 在PyMOL2中,这2部分默认是一个整体,在PyMOL1中这2部分是分开的。 在Display->Toggle Floating 可以拆分这2个窗口,快捷键是Ctrl+E, 刚开始PyMOL的界面主要是通过tkinter实现的,在PyMOL2中逐渐采用PyQT技术实现。 和PyMOL1 相比,PyMOL2 表现能力更强,功能更多,本教程以PyMOL2为例进行讲解,大部分 内容也适用于PyMOL1.

注解

本节教程是有顺序的。

载入蛋白

从PDB网站上下载蛋白,如 4hbk.pdb, 打开PyMOL,鼠标点击File-> Open

蛋白的展现形式

查看该结构的序列

着色

设置透明度

选择小分子,残基