基础教程

主要讲述PyMOL常见的命令操作。

注解

1.本节教程是有顺序的。 2.建议先阅读入门教程,再阅读基础教程。 3.所有的命令都支持tab键补全,提高效率。 4. 主要的示例以Bace-1蛋白6EQM为例,里面含有配体小分子BUH。

命令输入窗口

PyMOL中有2个地方可供命令输入,如下图所示,根据自己的爱好,选择一处输入命令就可以了。

../_images/command2.png

笔者倾向于使用命令框1,下面我将讲解一些常用的命令:

查看切换工作路径(pwd)

默认打开和保存文件,都是在工作路径中。因此设定合适的工作路径,可以提供效率。 建议分子文件格式,如mol2,pdb等格式,全部关联到PyMOL软件,不要关联到DS,Maestro等软件。

双击PDB文件,打开PyMOL软件,会自动调整工作路径为PDB文件所在路径。

  1. 命令 pwd; 查看工作路径;
  2. 命令 cd D:/test; 切换工作路径到D盘下面的test文件夹。在执行命令前,确保D盘下面有test 文件夹。

如图所示:

../_images/pwd.png

下载蛋白(fetch)

fetch 命令可以根据PDB ID编号下载蛋白结构到工作路径,并载入到PyMOL中显示,在PyMOL中的object的名字默认是PDB ID,可通过name参数进行修改。 从PyMOL 1.8开始,默认的格式是cif,可通过type参数修改文件的格式,也支持根据配体ligand ID的编号下载小分子。

示例:

  1. fetch 6FYZ # 下载编号是6FYZ的蛋白,文件格式是cif。
  2. fetch EBE # 下载编号是EBE的配体小分子,文件格式是cif。
  3. fetch 6MVD,name=”test”,type=pdb # 下载文件格式为pdb的6MVD的蛋白,载入PyMOL中设置名字为test.

type后面的参数不是字符串,不能加引号

type 支持的文件格式有:

type = cif|mmtf|pdb|pdb1|2fofc|fofc|emd|cid|sid|cc

默认是从pdb网站上下载数据的,可通过设置fetch_host 修改下载源。

set fetch_host,pdb set fetch_host,pdbe set fetch_host,pdbj

pdb 数据库有2个镜像库,一个是欧洲的pbde,另一个是日本的pdbj。 如果其中一个源不能使用的时候,可以尝试切换到其他源。

载入蛋白(load)

从PDB网站上下载蛋白,如 4hbk.pdb。 工作路径中已经存在PDB文件,如4hbk.pdb。 可通过load 命令进行加载。 命令:

load 4hbk.pdb load filename.pdb

load 和 fetch 的区别,load 是指定文件的名字,而fetch是分子的ID号。

设置背景颜色(bg_color)

设置背景颜色为白色:

bg_color white

开关单双键模式

set valence,1 开启双键模式。
set valence,0 关闭双肩模式。

示例 打开PyMOL fetch BUH bg_clor white set valence,1 set valence,0

效果如下:

../_images/buh_val1.png

Fig 1. 双键模式

../_images/buh_val0.png

Fig 2. 普通模式

保存图片(png)

png filename.png 我建议使用该命令进行快捷保存图片

下面我将以Bace-1蛋白6EQM为例,里面含有配体小分子BUH。

高清图片(ray)

制作高清图片, 制作完图片后输入ray命令,然后保存图片。

批量修改氨基酸残基的编号

使得残基的编号增加61。 alter (all),resi=str(int(resi)+61); sort;

设置label的小数位数

默认距离和角度是1位,通过下面命令可以修改,显示的位数。

set label_digits,2
set label_distance_digits,2
set label_dihedral_digits,2
set label_angle_digits, 2

删除object

delete objectName

delete all

掩藏object-disable

disable objectName

掩藏representation

hide stick hide cartoon

切换编辑模式

edit_mode

计算phi-psi角度

phi_psi objectName phi_psi selection

phi_psi 4hbk phi_psi resi 100


蛋白的展现形式(show,as)

命令如下:

as cartoon
show cartoon,objectname
as stick,all
as stick,objectname
as stick,selection express
as stick,resn arg

默认的object name是all。

示例讲解: 打开pymol, 依次执行下面命令。 1. cd d:PyMOLstartedManualpse 切换到工作路径 2. fetch 6EQM 下载蛋白 3.

重新计算二级结构(dss)

dss

选择中的关键词和缩略

着色(color)

color red,object name

设置透明度(transparency)

所有的命令

选择小分子,残基(select)