FAQs

Q1. 蛋白断裂

Q1. 老师您好 我用pymol显示相互作用的时候 show sticks 然后蛋白的beta折叠就断了 咋样显示让蛋白更好看一些不断裂呢?

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A1. 参见 入门教程中的 show 和 show as 的区别。

Q2. 界面暗淡

Q2. pymol里面打开结构很暗,重装软件也没有用,怎么解决?

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A2. OpenGL模块不兼容,在setting中rendering中设置关闭opengl,或者重新装opengl驱动。或者点击 File-> reinitialize->original settings.

Q3. 消除虚线

Q3. 请问pymol如何消除自动补全的虚线啊?

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A3. 氨基酸缺失或者一段seq离开了自己原来的位置,pymol 会在它认为链接的地方加虚线。如果想要掩藏虚线,将其拆分成2个独立的object就可以了。

Q4. 透明物体消失

Q4. ray 渲染后内部非透明物体消失?

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Fig 1. befor ray

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Fig 2. after ray

可通过间接的方法实现ray后内部非透明物体可见,保留3张图片,然后1.openPOCKET; 2. closePocket; 3.proteintCartoon. 然后把3张图图片导入到PhotoShop中,从上到下一次是123的顺序就可以了。

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Fig 1. openPocket

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Fig 2. closePocket

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Fig 3. proteinCartoon

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Q5. Biological Assembly

Q5. 想请教老师们一个问题。我在pdb官网想下载一个蛋白,这个蛋白应该是个六聚体,图上也是这样显示的(功能上是多聚体), 但是我在下载栏下载pdb format下载结果却是单体,请问老师们知不知道这个问题如何解决?

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A5. 方法一 直接在PDB网站上下载相应的生物多聚体,点击Dowoload Files 然后选择对应的Biological Assembly. 在PYmol 中打开该文件,点击 Action->state->split 就可以了。适合PyMOL2。

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方法二 直接打开单体文件,点击Action->generate->symmetry mates->within 5a (合适的半径进行拓展) 然后删除冗余的单体就可以了。

Q6 三角形表面

Q6. PyMOL如何渲染出下面图片的效果(三角形表面)?

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A6. 从图中我们可以看出是光滑表面上加了一层三角形网格。该图片来源 Hex 网站
具体操作步骤,在pymol中第一次渲染普通表面,然后ray 背景透明保存成第一张图片。 然后在设置表面为三角形,
set surface_type,2

然后ray,然后再渲染表面,背景透明保存成第二张图片,注意该操作对电脑要求较高,建议使用20个以内的氨基酸蛋白尝试。 最后再在photohop中,把两张图片叠合在一起即可。