FAQs

Q1. 蛋白断裂

Q1. 老师您好 我用pymol显示相互作用的时候 show sticks 然后蛋白的beta折叠就断了 咋样显示让蛋白更好看一些不断裂呢?

../_images/break.png

A1. 参见 入门教程中的 show 和 show as 的区别。

Q2. 界面暗淡

Q2. pymol里面打开结构很暗,重装软件也没有用,怎么解决?

../_images/darkColor.png

A2. OpenGL模块不兼容,在setting中rendering中设置关闭opengl,或者重新装opengl驱动。或者点击 File-> reinitialize->original settings.

Q3. 消除虚线

Q3. 请问pymol如何消除自动补全的虚线啊?

../_images/1t48_dash.png

A3. 氨基酸缺失或者一段seq离开了自己原来的位置,pymol 会在它认为链接的地方加虚线。如果想要掩藏虚线,将其拆分成2个独立的object就可以了。

Q4. 透明物体消失

Q4. ray 渲染后内部非透明物体消失?

../_images/beforeR.jpg

Fig 1. befor ray

../_images/afterR.jpg

Fig 2. after ray

可通过间接的方法实现ray后内部非透明物体可见,保留3张图片,然后1.openPOCKET; 2. closePocket; 3.proteintCartoon. 然后把3张图图片导入到PhotoShop中,从上到下一次是123的顺序就可以了。

../_images/close_pocket.png

Fig 1. openPocket

../_images/open_pocket.png

Fig 2. closePocket

../_images/proteinC.png

Fig 3. proteinCartoon

../_images/ray_ok.jpg

Q5. Biological Assembly

Q5. 想请教老师们一个问题。我在pdb官网想下载一个蛋白,这个蛋白应该是个六聚体,图上也是这样显示的(功能上是多聚体), 但是我在下载栏下载pdb format下载结果却是单体,请问老师们知不知道这个问题如何解决?

../_images/Q52png2020-03-04_210149.474905.png

A5. 方法一 直接在PDB网站上下载相应的生物多聚体,点击Dowoload Files 然后选择对应的Biological Assembly. 在PYmol 中打开该文件,点击 Action->state->split 就可以了。适合PyMOL2。

../_images/A52020-03-04_210445.535110.png

方法二 直接打开单体文件,点击Action->generate->symmetry mates->within 5a (合适的半径进行拓展) 然后删除冗余的单体就可以了。

Q6 三角形表面

Q6. PyMOL如何渲染出下面图片的效果(三角形表面)?

../_images/triangle2020-03-19_224804.774831.png
A6. 从图中我们可以看出是光滑表面上加了一层三角形网格。该图片来源 Hex 网站
具体操作步骤,在pymol中第一次渲染普通表面,然后ray 背景透明保存成第一张图片。 然后在设置表面为三角形,
set surface_type,2

然后ray,然后再渲染表面,背景透明保存成第二张图片,注意该操作对电脑要求较高,建议使用20个以内的氨基酸蛋白尝试。 最后再在photohop中,把两张图片叠合在一起即可。

Q7. 如何同时打开两个pse文件?

A7. 首先File->open 打开第一个pse文件,然后继续File-open 选择第二个pse文件, 会弹出对话框,有3个选项:

  1. 打开最新的pse,原来的pse丢弃;
  2. 同时打开两个pse,如果有object重名,则自动修改名字
  3. 在新的窗口中打开新的pse.

因此,选第二个选项就可以打开2个pse 文件了。

../_images/pse_open2020-04-11_215545.726879.png

Q8. 疏水氨基酸和亲水氨基

如何在pymol里面可以鲜明地显示这种亲水氨基酸残基和疏水氨基酸残基区域吗,如下图所示?

../_images/hydrophbic2020-04-17_203412.809246.jpg

A8. 疏水氨基酸有9个:Gly,Ala,Val,Leu,Ile,Pro,Phe,Met,Trp。 The nine amino acids that have hydrophobic side chains are glycine (Gly), alanine (Ala), valine (Val), leucine (Leu), isoleucine (Ile), proline (Pro), phenylalanine (Phe), methionine (Met), and tryptophan (Trp).

非电极性(亲水)氨基酸有6个:Ser,Thr,Cys,Asn,Gln,Tyr。

注解

氨基酸性质的划分是基于其侧链R基团进行划分的。

Amino acids are grouped according to what their side chains are like.
The nine amino acids that have hydrophobic side chains are glycine (Gly), alanine (Ala), valine (Val),
leucine (Leu), isoleucine (Ile), proline (Pro), phenylalanine (Phe),
methionine (Met), and tryptophan (Trp).

Six amino acids have side chains that are polar but not charged.
These are serine (Ser), threonine (Thr), cysteine (Cys), asparagine (Asn), glutamine (Gln), and tyrosine (Tyr).
These amino acids are usually found at the surface of proteins, as discussed in the Proteins 2 module.

在命令行窗口,输入下面4个命令就可以。

color yellow, resn Gly+Ala+Val+Leu+Ile+Pro+Phe+Met+Trp
as sphere, resn Gly+Ala+Val+Leu+Ile+Pro+Phe+Met+Trp
as sphere,   resn Ser+Thr+Cys+Asn+Gln+Tyr+Asp+Glu+Arg+Lys+His
color blue,  resn Ser+Thr+Cys+Asn+Gln+Tyr+Asp+Glu+Arg+Lys+His
../_images/hydrophbic_polar2020-04-17_205703.434193.png

Q9. 缺失残基resi 26-39怎么在PyMOL中用虚线表示?

缺失残基resi 26-39怎么在PyMOL中用虚线表示? 如果缺失残基的数目小于10个,在pymol 1.8.2+自动在gap处添加虚线。 如果超过10个,则需要手动设置是否显示虚线。 A9. 关闭虚线

set cartoon_gap_cutoff, 0
../_images/dash_gap_close2020-05-05_175215.468631.png

设置阈值,如果缺失的残基小于阈值,则显示虚线,默认是10

set cartoon_gap_cutoff, 100
../_images/dash_gap_open2020-05-05_175211.121721.png

Q10. 不能正确显示cartoon 等二级结构

../_images/cartoon_disorder2020-05-22_225559.032607.png

分析后发现是残基的链接顺序和编号顺序不一致导致的,解决办法由有2种。 22号和23号在PyMOL默认认为相连号码的残基在空间是相连的。

方法一: 修改pdb文件,调整编号顺序。 方法二: 自动识别残基的可能链接顺序,暂时不支持rebuild导出正确的顺序。

set retain_order,1
dss all

修改后的效果

../_images/retain2020-05-22_225802.302280.png

Q11. 如何自定义label

如下图所示,显示了氨基酸的单字符和字符的位置ID,我如何指定将I93 指只显示为I,而不显示93呢? 请问有谁知道该如何处理吗?谢谢

../_images/labelRESN2020-05-23_161050.058198.png

通过label命令进行自定义就可以了,Label命令格式如下

label  atom, customLabel

第一个参数: 定位需要label的原子。 第二个参数: 字符串

在PyMOL中运行下述命令 label chain C and resi 93 and name CA,’I’ 就可以了。

../_images/labelI2020-05-23_162819.852188.png