安装指南

安装PyMOL

PyMOL 现在由 SCHRODINGER 公司进行维护,可从官网直接购买PyMOL的可执行版本,或者下载试用版本。另外 UCI大学对PyMOL 源码进行了预编译,并免费提供PyMOL的相关wheel文件。

Windows 平台安装PyMOL

  • 安装python

推荐anaconda版本的python2, 我的系统是64bit的windows系统,如果你的系统和我的系统相同,可以 点此 下载。

这里我在D盘根目录下面新建一个文件夹,anacondapython27_64,并双击+下一步的方式将anaconda 安装在 D:\anacondapython27_64 目录下面。

打开cmd 或者 powershell 窗口,运行D:\anacondapython27_64\python.exe -V 检查是否安装成功:

PS C:\Users\czq> D:\anacondapython27_64\python.exe -V
Python 2.7.15 :: Anaconda, Inc.

出现版本号则说明安装成功。

随着硬件的发展,32bit的系统逐渐被淘汰。

如果不幸你的电脑刚好是32bit的系统,可自行到 anaconda官网 选择对应的python版本进行下载。

  • 下载相关的wheel文件

uci wheel官网 上下载相应的whl文。

我以64bit的windows+ conda python27 为例,选择相应的文件:

  1. numpy+mkl numpy‑1.14.6+mkl‑cp27‑cp27m‑win_amd64.whl
  2. pymol pymol‑2.1.0‑cp27‑cp27m‑win_amd64.whl
  3. pymol_launcher pymol_launcher‑2.1‑cp27‑cp27m‑win_amd64.whl
  • 安装

将whl 文件放到d盘的根目录下,然后在cmd或者powershell窗口下运行下述命令就可以完成pymol的安装:

D:\anacondapython27_64\python.exe -m pip install D:/numpy-1.14.6+mkl-cp27-cp27m-win_amd64.whl
D:\anacondapython27_64\python.exe -m pip install d:/pymol‑2.1.0‑cp27‑cp27m‑win_amd64.whl
D:\anacondapython27_64\python.exe -m pip install D:/pymol_launcher-2.1-cp27-cp27m-win_amd64.whl

安装成功后,在D:\anacondapython27_64 目录下面会出现可执行程序PyMOL.exe, 双击就可以运行。

../_images/pymol_install.png

Linux 平台安装

不推荐使用linux平台进行可视化。linux 安装PyMOL后,使得Python可以调用PyMOL模块执行批量处理 推荐安装anaconda python,然后通过 conda 命令安装就可以了。

MAC 平台安装

源码编译安装